«¿Quién Es El Dueño De La Ciudad?

El 15 de marzo Nacional visitó a Peñarol en Montevideo, el partido terminó 4-0 a favor con goles de Jonathan Copete, Daniel Bocanegra, Orlando Berrío y Luis Carlos Ruiz, la quinta fecha, contra Sporting Cristal, en Perú, terminó 1-0 con gol de penal de Víctor Ibarbo, la sexta y última fecha contra C. A. Huracán, terminó 0-0. El equipo fue el mejor primero de la competición, terminando así la mejor fase de grupos de Copa Libertadores en toda la historia de Nacional.

La segunda fecha, en el estadio Atanasio Girardot, contra Sporting Cristal, terminó en goleada a favor 3-0 con goles de Davinson Sánchez, Jonathan Copete y Marlos Moreno, la tercera fecha fue contra C. A. Peñarol, de nuevo de local, el partido terminó a favor 2-0 con goles de Daniel Bocanegra y Marlos Moreno, cerrando así la primera vuelta de la fase de grupos. El título del torneo finalización de 2015, le dio a Atlético Nacional el pase a la Copa Libertadores 2016. El club ocupó el grupo 4 con C. A. Peñarol, Sporting Cristal y C. A. Huracán. Santa Fe fue el rival de las semifinales, el partido de ida quedó igualado 1-1 y el juego de vuelta lo ganó Nacional por 4-1, camisetas de futbol baratas clasificando a la final del torneo contra el Junior de Barranquilla.

El partido de ida de la final, programado para el 30 de noviembre, nunca pudo ser jugado debido al accidente sufrido por el rival brasileño Chapecoense donde se perdió prácticamente todo el plantel. En el inicio de la temporada 2016 Atlético Nacional se coronó por segunda vez campeón de la Superliga de Colombia, su rival fue el Deportivo Cali, ganador del torneo apertura 2015. El partido de ida se jugó el 23 de enero de 2016 en el Estadio «Palmaseca», Nacional como visitante derrotó al local 2-0 con un doblete de Jonathan Copete.

El 26 de abril se jugó el partido de ida, en Argentina, el partido terminó 0-0. El 3 mayo, se jugó en Medellín el partido de vuelta, quedando 4-2 a favor de Nacional con goles de Víctor Ibarbo, Jonathan Copete y doblete de Alejandro Guerra, para el equipo argentino descontó Cristian Espinoza, fue el primer gol que recibió Franco Armani en la copa, el segundo gol fue una volea del delantero Ramón Ábila. Después de terminados los 90 minutos, Andrés Ibargüen, luego de una jugada individual, centró el balón para que Orlando Berrío marcara el 3-1 a favor, dándole la clasificación a Nacional a las semifinales; Berrío le celebró el gol en la cara al arquero Sebastián Sosa, lo que generó una pelea en la cancha de todos lo jugadores de Rosario Central y la expulsión de Orlando Berrío para Nacional y Damián Musto para el equipo visitante.

Sería muy motivador. Daría cualquier cosa por hacer lo que no pude hacer allí la primera vez por culpa de las lesiones». Debido al inesperado suceso, el día que se jugaría la final en el estadio Atanasio Girardot, el club, hinchas, Ejército Nacional, Alcaldía de Medellín, Gobernación de Antioquia y algunos asistentes de la ciudad de Chapecó rindieron un homenaje a las víctimas. Conquistaron esta liga en su primera temporada, pero no lo hicieron otra vez hasta el comienzo de la Primera Guerra Mundial en 1916, la cual detuvo todas las competiciones de fútbol en Alemania.

Conmebol días después. En el plano futbolístico, Nacional fue el segundo equipo, en llegar a las dos finales más importantes de Sudamérica en una misma temporada, terminó invicto y con Miguel Borja como goleador del torneo, junto con el paraguayo Cecilio Domínguez, cada uno con 6 goles. Atlético Nacional disputó su tercera final de Copa Libertadores contra el equipo revelación del torneo, Independiente del Valle de Ecuador, que llegaba de eliminar a River Plate, Pumas UNAM y Boca Juniors. En los octavos de final tuvo que enfrentarse con el peor segundo del torneo, que resultó ser C. A. Huracán.

Después del título de la Copa Libertadores, Nacional inició su participación en la Copa Colombia. Atlético Nacional obtuvo su tercer título y terminó como el más veces campeón de la Copa Colombia. Por su parte, Atlético Nacional solicitó a la Conmebol que el título le sea otorgado, de manera honorífica, equipaciones de futbol al club brasileño. En los cuartos de final el rival fue el club brasileño Coritiba, el partido de ida, jugado en Brasil, terminó 1-1 y la vuelta 3-1 con triplete del goleador Miguel Borja. Luego de terminados los cuartos de final, el torneo tuvo que ser detenido debido a la realización de la Copa América Centenario.